Khoa Môi trường & Bảo hộ Lao động (MT&BHLĐ) tiền thân là Khoa Khoa học bảo hộ lao động được thành lập vào ngày 16/04/1998 với 01 ngành đào tạo ban đầu là Kỹ sư bảo hộ lao động. Đến ngày 09/09/2002, Khoa được đổi tên thành Khoa MT&BHLĐ với 03 ngành đào tạo là Bảo hộ Lao động, Khoa học Môi trường và Công nghệ Kỹ thuật Môi trường.
Từ năm 2014, Khoa MT&BHLĐ được tuyển sinh và đào tạo chương trình đại học chất lượng cao ngành Khoa học Môi trường. Từ tháng 12/2015, Khoa được phép đào tạo cao học ngành Kỹ thuật Môi trường và Bảo hộ Lao động.
Trong các ngành đào tạo, Bảo hộ Lao động và Công nghệ Kỹ thuật Môi trường là 02 ngành được Trường Đại học Tôn Đức Thắng sáng lập và đào tạo đầu tiên ở khu vực phía Nam.
Chương trình đào tạo của 03 ngành trong Khoa có liên quan mật thiết với nhau và thường xuyên được Hội đồng Khoa học của Khoa cập nhật, cải tiến theo tình hình thực tế, đáp ứng nhu cầu tuyển dụng của xã hội.
